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依國家公園法第1條規定，國家公園之設立乃為保護國家特有之自然風景、野生物及史蹟，並供國民之育樂與研究；本園計畫目標依循此一宗旨， 並參酌上位政策指導與國際發展趨勢，擬定計畫目標如下：

一、保育目標： 加強保育及監測墾丁國家公園生態環境，以確保生態棲地之完整。保育標的為陸域及海域之自然生態系、動植物資源、自然景觀、地形地質及文化史蹟等， 持續導入各類保育標的之環境監測工作，以維護棲地完整，其工作目標有：

• （一）維護現有之生態系環境之完整。
• （二）因應氣候變遷及極端氣候事件，加強海岸（域）基礎環境調查及評估調適策略。
• （三）依據生態環境監測結果，改善碎化棲地的問題。

二、育樂目標： 基於環境友善及永續利用之原則，調整、控制遊憩、育樂發展，提昇國民遊憩品質及推廣環境教育。在確保資源永續前提下，選擇景觀優美、資源豐富且具環境教育價值地區，策劃高品質遊憩體驗活動供觀賞育樂使用，推動深度生態旅遊發展， 其工作目標有：

• （一）引導對環境友善之深度旅遊模式與體驗資源發掘。
• （二）創造與園區夥伴共同經營國家公園事業之互利機制。
• （三）彰顯國家公園原始風情，減輕開發對環境品質衝擊。

三、研究目標： 提供科學研究場所與機會，並有效回饋資源保育與利用。充分運用園區豐富環境條件，提供良好研究環境與材料，並將研究結果落實至國家公園經營管理，確保園區資源獲得適當與正確之保護及利用。

• （一）持續研究累積園區計畫執行基礎。
• （二）確保研究成果回饋經營管理計畫。
   

參照地形特徵根據國家公園法第十二條之規定加以適當分區，以為訂定保護計畫及利用計畫之基礎。本國家公園中計有五個分區：