位於計畫區之東北端，東以狹長之海岸地帶瀕臨太平洋，西側約以四十二、四十四、四十五、四十七、四十八、五十六等國有林班地範圍為界，南接佳樂水遊憩區，北面以太平山及其附近之山脊、山溝為界，面積約計5800公頃。
全區之地型地勢大體上以太平山、南仁山、萬里得山、出風山、滿州山、豬月勞束山間之主山脊線向東西兩面傾斜，坡度陡峻，兼備丘陵、山谷、沼潭、溪流、山坡、草原等變化多端之地型地勢。
本區由於位置偏僻交通不便罕見人跡，除南山路之窪地南仁湖為管理處管有之外，其餘地區均屬國有林班地，小部份地區已遭濫墾或改植人造林外，多為濃密原始林所覆蓋，其間孕育著上千種植生與各類野生動物，每年十月則有大批灰面鷲在此過境，景觀壯麗。完整之動物相及珍貴之植群，除富於學術研究價值外，並可以提供環境教育育及景觀欣賞使用，是墾丁國家公園之精華所在。
佔地廣達5800多公頃之南仁山生態保護區，保留了台灣僅存的低海拔原始森林。海拔526公尺之萬里得山為本區之最高點，次高點則為479公尺高之南仁山；每年十月至隔年三月之東北季風，對於南仁山區的植物生態，造成很大的影響，迎風面的植被組成，以殼斗科、茶科、冬青科和八角茴香科為主，樹型較低矮，屬於亞熱帶或溫帶常綠闊葉森。這些科的植物在台灣中北部多分佈在海拔1000公尺處，而在南仁山區則僅在海拔500公尺以下即出現。另外，真菌類也有342種，其中擔子菌300種，子囊菌42種。
而在背風溪谷區，則以茜草科、大戟科及桑科等植物為主，具有支柱根、板根、幹生花及木質藤本等近似熱帶雨林的特徵。 根據有限之調查發現，此地區計有80種鳥類，24種蛇類，13種蜥蜴守宮，12種魚類，19種蛙類，11種哺乳類，5種龜鱉、16目77科416種自然資源昆蟲（其中鞘翅目117種、鱗翅目118 種），而蝴蝶則有7科65種之多、溪蟹－－等等，故以動物種類而言，本區為墾丁國家公園之精華所在。
南仁山屬低海拔的丘陵地，在部分較開闊的盆地，因缺少出水口，而形成小型的湖泊或沼澤，此即所謂的南仁湖，其範圍包括3處水域：中央水域、獨立南仁湖及入口處之宜蘭潭或稱南仁古湖，總面積約28公頃。
由南仁山管理站為起點，至南仁湖畔，單趟路程約為4.3公里，來回共約8.6公里，路程時間約需2.5小時到3小時左右，進入此區需有較佳之體能及行動能力為宜，建議勿帶幼童進入。
內政部營建署墾丁國家公園管理處（以下簡稱本處）為加強南仁山生態保護區之管理，依據國家公園法第十九條及墾丁國家公園計畫書相關規定訂定本要點。 生態保護區經本處許可，得供為學術研究之用。其申請要件與程序依左列規定辦理：申請進入生態保護區從事學術研究調查人員，應由學校或相關研究機構於預定進入日期二週前出具公函檢附研究（調查）計畫書及研究人員名冊各乙份，函送本處審核。若需採集標本者另應提送詳細之研究計畫書說明採集人員、期間、地點、種類、數量、及方法，經本處審查通過後，在每次從事採集標本時，攜帶本處核准函及身份證，至本處保育研究課辦理採集證，非經許可不得採集標本；當次採集作業結束後必須交回採集證，並須接受本處保育人員之檢查，以確認所採集物品是否符合申請之種類與數量。研究計畫完成後請提供研究報告三份供本處參辦。從事學術研究調查人員，原則上給予優先核准（人數亦不受限制），惟其活動範圍不得超出其所提研究計畫地點或本處指定之研究範圍。