為降低小花蔓澤蘭生態危害，本處每年辦理清除工作，初期以廠商僱工負責清除，但成效不佳；98年度起改以本處訓練人員，採全部清除方式，至目前為止成效良好。
小花蔓澤蘭為菊科蔓澤蘭屬植物，原產於中南美洲，因可生產眾多的種子，每平方公尺高達17萬粒(郭等，2003)，以及超強的無性繁殖能力，成為極具侵略的入侵植物，在亞洲地區－印度、馬來西亞、菲律賓及所羅門群島等，均造成相當的為害。在台灣南部低海拔地區到處蔓延，已經造成生態浩劫及經濟損失。據相關調查發現(曾，2003)，小花蔓澤蘭已往中海拔入侵，森林生態系岌岌可危。對於防治方法，最有效且簡單的方式為化學防治法，可達95%防治有效果(徐，2003)。但此種方法對於環境的傷害較大，不適宜在國家公園區使用。另外採用物理防治－連續切蔓法，每月切一次，連續切三個月，可得到良好的除蔓效果(郭等，2002)。此種方法未考量實務面向，施作上有所困難，以及所留存蔓藤的長度問題，在實務上若能找到源頭，則直接移除即可。
執行方法：
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96與97年間採用傳統方式，於小花蔓澤蘭開花之前，委請廠商進行清除工作，要求地面以上要完全清除，採用統包的方式，即以單位面積之清除費用計價。通常廠商作法先將攀爬於木本植物之小花蔓澤蘭藤蔓切除，掛在木本的部分任其自然枯萎死亡，其他部分則做簡易的清除，清除的藤蔓就地擱置。
- 98年採用僱工的方式，先行教育所僱請的工人，清除方式則是採完全清除。小花蔓澤蘭攀爬可區分為二種：一種是攀爬於喬木之上，另一種則與灌木、其他藤本植物糾結在一起。所謂完全清除是將小花蔓澤蘭連根清除，並將植物體脫離地面。爬於喬木者，約離地1公尺先將藤蔓切除，切除點以上部分不做處理，任其自然枯萎；切除點以下則試圖找到頭部，將所有藤蔓清除並集結，吊掛於樹木之上，不得接觸地面，以防止再萌發新的植株。若與灌木藤本集結者，為了要徹底清除，不要殘留任何小花蔓澤蘭植株，進行全面地上物清除，清除後地上空無一物。
成果：
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傳統作業法：經過2年的清除工作，發現原本的分布地點，依舊發現大量的小花蔓澤蘭，其占有的面積並無縮小的跡象，在生長季節能快速的生長並開花結實。顯然此種方法對小花蔓澤蘭的防治沒有產生效果，當自己親自去做清除工作，才發現其原因之所在。爬滿整株樹的小花蔓澤蘭，除了樹上佈滿蔓藤及花葉外，它的蔓莖在地面上到處亂竄，其長度不亞於樹上的長度，必需慢慢搜尋才能找到它的源頭。推估不是一年內就能生長成如此一般，與先前推論小花蔓澤蘭應是多年生植物(郭 2003)不謀而合。它在野地的生長模式究竟如何？有待進一步的觀察與研究。因此，傳統作業法只移除了地上部，地面蔓爬的莖並沒有真正去除，此與連續切蔓之研究(郭 2003)有所不符，即使進行連續切蔓作業，恐無法達到防治的效果。且目前並無莖長度與存活相關性的研究，理論上，莖愈長其存活下來的機會則愈高，除非在莖上無生長點，無法產生側芽。
- 採用僱工的方式，並透過專業的訓練與要求，徹底清除小花蔓澤蘭所有地上部。經過一年的時間，作業區域已恢復植生，以草本植物為主，少部分的陽性樹種，其中僅發現少數小花蔓澤蘭幼苗，但究竟屬於種子苗或是無性繁殖無法得知。就目前來看效果顯著呈正面反應，但未來如何發展，其成效尚有待觀察。主因此種作業方法因清除所有地上物，造成所謂的孔隙，而孔隙的發展是未來觀注的焦點，需不需要進行後續棲地復舊的工作，是值得探討的問題。另外，此種清除作業仍依賴人工，因此也受到工人品質的影響，畢竟無法時時刻刻盯著工人作業。