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墾丁国立公園は植物相が複雑なので、さまざまな野生動物を生息しています。哺乳類が凡そ15種、鳥類が凡そ310種、爬虫類と両棲類が凡そ59種、淡水魚類が凡そ21種、蝶が凡そ216種、及びおびただしい種類の昆虫がいます。 本区の景観は季節変化に密接な関係があります。毎年秋の末から翌年春の末まで数多くの渡り鳥が本区を通過し、あるいは本区で冬を過ごし、それが本区特有の景観をかたちづくっています。例えば、龍鑾潭のガンガモ、満州のワシダカ、山の斜面や耕地のアカモズなどは観賞や教育に値する価値を持っています。大部分の定住野生動物は一年中天然の森林内で見られます。特に南仁山生態保護区には豊かな生態系が残っており、学術上重要な研究場所と目されています。その中で、代表的な動物の略述は以下の通りです。

	哺乳類
	墾丁国立公園では少なくとも哺乳類動物が１５種います。例えば、タイワンキョン、タイワン野ウサギ、タイワンザル、ハクビシンです。台湾人はいつも野生動物を漢方薬の材料とみなしますが、「国家公園法」により狩猟が厳禁されているため、絶種に瀕する動物も生きてゆくことができます。

鳥類

本区では鳥類が数多く見られます。特に毎年秋から冬にかけて、多くの渡り鳥が北方からやってきて、食を探したり通り過ぎたりし行く光景はめったにないもので、これがまさに本区の一大特色です。今までに凡そ310種の鳥が確認されており、渡り鳥が約75％を占めています。渡り鳥の種類は多く、特にアカモズ、アカハラダカ、サシバが本区の最も代表的な越境鳥です。その他にも各種のガンカモ、ワシダカ科などの水鳥が沼沢、池に分布し、さらに冬の間高山地帯から下りて冬を過ごす山鳥が加わり、鳥類の楽園となっています。 鳥類学者の研究によると、本地で最も著名な渡り鳥であるアカモズは、一羽だけで0.05ヘクタールの土地の虫害を防ぐそうです。サシバは一羽で一生の間に500匹のネズミを食べるそうです。これらはすべて、鳥類が生態系を維持する上で重要な役割を果たしているということを証明しています。したがって、我々は力を尽くして鳥類を保護しなければなりません。

	爬虫類
	本区は亜熱帯のはずれに位置しているため、多くの爬虫類が見られます。蛇は約26類、たとえば、ヤッポダ、アオハブ、タイワンハブ、アマガサヘビ、インドゴブラ、ワモンアカヘビ、過山刀など。前の五つは毒蛇で、その中ではタイワンハブが石灰岩洞窟に出没し、アオハブは多くが森林や灌木帯の樹林を攀じ登っています。その他にも、とがけ（約13種）、亀（約5種）などの動物が常に見られます。

	両棲類
	墾丁国家公園内のカエルは16種いて、台湾で見られる種類のおよそ半数を占めています。森林はカエルの主な棲息地です。草原に出現するタイワンコアマガエル、および耕地で活動する虎皮蛙(Rana tigrina var. pantherina)と腹斑蛙（Rana adenopleura）を除いて、他のカエルは森林の中で見られます。サワガエル（Rana limnocharis）は広く分布していて、森林、草原と耕地などすべてのところにその跡が見えます。耕地に現れる種類としては他にもアジアヒキガエル、サワガエル、金線蛙の三種が挙げられますが、草原にはタイワンコアマガエルとサワガエルしかいません。

	胡蝶
	本国家公園内の気候は暖かく、四季をとおして花が咲き、胡蝶の幼虫に豊富な食べ物を提供するので、多種の胡蝶がここに棲息し繁殖します。最も多く見られるのはオオベニモンアゲハ、シロオビアゲハ、ツマベニチョウ、アオバンチョウ